1.从教学投资方面来说，官方硕士在授课中进行的教学活动、使用的教学设施都是国家从教育基金里进行拨款的。所有的大学教授、教务人员和行政管理人员都是高校编制内的，由国家直接发放工资。而校级硕士的所有支出都是由大学自己负责，所有教学的设施、教学场地、师资队伍都是自己准备和提供，老师教授们的工资也是直接来源于学生们交纳的学费，所以进修校级硕士的学费普遍比官方硕士要高。
2.两者设立硕士学位课程的目的不同：官方硕士学位的专业都是比较成熟，已经有很多年的临床教学经验，就业率在市场中也已成熟，所以国家愿意在这些课程上进行投资。而校级硕士的专业课程是每个大学在学术上最擅长的领域，利用自己的优势师资队伍创立的学科，很多情况下，校级硕士的课程都是在西班牙独一无二的，通常来说这些课程都具有一定的市场潜力。等到这些课程开设了若干年之后，就业市场成熟之后，国家也肯定了这些课程的意义，就会对其进行资金投资了，允许其变为官方硕士专业。
