连续三个月的骚乱肆虐，由一个城镇传到另一个城镇，导致成千上万人丧生。
鉴于在欧洲其他国家已发生的犹太人受难史，成千上万的西班牙犹太人接受或被迫接受洗礼，改宗基督教。许多改宗者在国家乃至教会中步步高升。譬如布尔戈斯才华横溢的拉比所罗门·莱维（Solomon Levi），他改名保罗·德·圣马里亚（Paulde Santa María），在巴黎攻读神学，担任教士，最后成为主教，也是恩里克三世的掌玺大臣，以及约翰二世幼时的摄政之一。他与其他和他一样的教士不断劝诫犹太人放弃他们古老的信仰，接受基督教。他们的游说相当成功。整个犹太人社区接受了洗礼，新的改宗者被老基督徒称作“马拉诺”（marrano [1] ），他们参与了所有原本被禁的职业，进入大学，身居国家要职，并且学习成为圣职人员。 [2] 他们在社会经济方面都很成功。他们与基督徒世家频繁通婚，在几个世代之内，几乎所有的卡斯蒂利亚贵族体内都流着犹太血液。新的改宗者获得了近一个世纪的全新自由，但宗教团体和社会大众对他们的敌意持续闷烧。这就是伊莎贝拉和费尔南多建立西班牙宗教裁判所时的情况。
费尔南多和伊莎贝拉把卡斯蒂利亚兄弟会（Hermandades de Castilla，农村警察部 队） 改 造 成 雷 厉 风 行 的 联 邦 警 察 部 队， 称 之 为“神 圣 兄 弟 会”（HolyBrotherhood），以此消除乡村地区的无政府混乱，打击贵族势力，巧妙地将其变成华丽的宫廷附属品。多年后，堂吉诃德的侍从桑乔回忆起神圣兄弟会的严酷手段都不寒而栗。圣地亚哥、阿尔坎塔拉和卡拉特拉瓦3个主要军事修会的统领权，也都在空缺后被授予费尔南多。这进一步强化了国王的权力，并带来额外的收入、土地和堡垒。
著名的托莱多议会在宗教裁判所成立的那年（1480年）成立，贵族被排除在外，取而代之的是受罗马司法传统教育的城镇律师，他们比较偏袒国王的利益。此举颇得民心，并且最终把贵族变成王权的附庸。城镇百姓万万没想到，他们就是下一批不得不向中央权威屈服的人。
反犹情绪在费尔南多和伊莎贝拉即位时相当强烈。下层阶级羡慕犹太人的财富和影响力，对与贵族联姻取得更高地位的改宗犹太人更是眼红不已。教会内部也有很多不同群体都反犹。起初，王室在此利益冲突中保持中立，但他们意识到建立宗教裁判所可借由怀疑改宗犹太人为异端，光明正大地进行惩罚，从而在政治上取得巨大利益，于是两位君主都允许了这种迫害行为。他们得到了迫害少数族群带来的廉价而残酷的人望，但牺牲了人民长远的福祉。宗教裁判所向来由王室控制，通过剥夺可疑分子的土地、财富和影响力，有效地增加了王室的力量。也通过这种方式，帮助完成对抗穆斯林的战争，并促进成为新西班牙人口组成的许多异议分子在宗教和情感方面的团结。
宗教裁判所最初的受害者并非犹太人，而是对新信仰可能不够坚定的改宗者。
事实上，新改宗者都在医疗、银行、税收和工业领域占有重要位置，这无疑是他们遭到贫穷阶层嫉妒和仇恨的原因之一。第二个原因是犹太人在西班牙人口中占有普遍知识优势。第三，法国修士在西班牙的影响力，以及其他欧洲国家已经通过迫害犹太人来使统治者得到了民意支持和可观财富。犹太改宗者在天主教会爬升至显要位置，则是第四个造成不宽容的要素，这一点很奇怪又很有说服力。在这些改宗者及其后裔中，还包括伊莎贝拉的私人忏悔神父，也就是格拉纳达的大主教塔拉韦拉（Talavera），此外，根据一些权威人士的说法，裁判所大检察官托克马达（Torquemada）本人也是。这样的人还有许多。他们为了证明自己是对西班牙彻底忠诚的“基督徒”，刻意加倍残酷地迫害他人，这非常可悲，但也可以理解。
尽管如此，宗教裁判所并未受到全民的一致支持。科尔多瓦当地主要的贵族公开领导反抗，并受到市府支持，除掉了大检察官和他可憎的代理人，算是大获全胜。在阿拉贡、巴伦西亚和加泰罗尼亚的反抗力量则更加普遍。在萨拉戈萨，大检察官在祭坛前被谋杀；在阿拉贡几乎所有贵族都参与了反抗密谋。贵族害怕宗教裁判所，主教和律师则嫉妒它。而低层阶级通常支持它，因为他们的血统更纯净，他们的财富不那么诱人，低层阶级还把宗教裁判所视为惩罚贵族的鞭子。 [3]
宗教裁判所作为国家政策工具的可怕效率迅速提高。王室正走向对西班牙政治、宗教和社会方面的全方位统治，绝不允许任何对新取得权力的损害。费尔南多和 伊 莎 贝 拉 已 开 始 施 行“马 基 雅 弗 利 式”政 策， 一 方 面 迫 害“犹 太 派 基 督徒”（Judaizers），另一方面和穆斯林作战，然后用剩下的力量重击贵族。
宗教裁判所推断一个人为犹太教徒的证据相当奇特：譬如他在犹太人的安息日穿了比其他日子更好的衣服或更干净的内衣裤；或者在前一天晚上家里没有火；或他曾与犹太人共餐，或吃了由他们屠宰的肉类；或用温水清洗尸体，或者临终时脸朝向墙壁；或为孩子取希伯来名字，而“这是最离奇的残酷规定，因为根据恩里克二世的法律，犹太人不得为孩子取基督教的名字，否则要受重罚”。宗教裁判所像雷电般打击新改宗的犹太人信徒，许多“马拉诺”被绑在火刑架上烧死。为数众多的犹太人逃往格拉纳达，找到暂时的避难所，但最终这些不幸的人都在劫难逃。
与此同时，对抗穆斯林的战争继续进行。他们先攻下了马拉加和其他几个城镇，然后准备进攻格拉纳达，这绝非易事。格拉纳达全城戒备森严，坚固的城墙上也派重兵守护。这场收复失地运动的最后一战持续了11年，到最后几个月时，基督徒军队在格拉纳达城外的圣菲（Santa Fe）扎营，并在格拉纳达四周布置了一个钢圈。围城逐渐生效，饥饿和疲惫迫使穆斯林投降。1492年1月2日，胜利的基督徒军队进入战败的堡垒。穆斯林并非无条件投降，他们获得保证得享宗教自由，保留自己的法律、家园和财产，并且不需缴纳额外赋税。因为有这些条件，多数穆斯林决定留在西班牙，但也有数千人迁至北非。费尔南多和伊莎贝拉住进了美丽的阿尔汗布拉宫，统治着一个领土统一的国家。
征服了穆斯林，打击了“马拉诺”之后，宗教裁判所的矛头转向了普通犹太人。
早在1480年，也就是可怕的宗教法庭（Tribunal）成立的第一年，生性残忍的托克马达就怂恿费尔南多将犹太人逐出安达卢西亚，那是他们人数最多的一个地区。国王预见到这样做会打击经济，表示反对。托克马达带着邪恶的坚持，以极具煽动力的论据持续纠缠：犹太人在西班牙永远都会是强大的宗教少数族群，他们有很多财富，可以让国王摆脱财政困境，“马拉诺”一次次地在宗教法庭的审判下，承认他们并非虔诚的基督徒。在摩尔人被击退至最后的据点后，想象得到犹太人数不尽的财富并建造一个同文同种的西班牙的愿景，变得越来越有吸引力。格拉纳达陷落时，不只此地穆斯林的末日来临，也注定了犹太人的厄运。
在占领格拉纳达3个月后，阿尔汗布拉宫发出诏书，命令所有犹太人在4个月内离开，违者处死。他们获准处置财产，但不准带走金银财宝。在这4个月的期限之后，所有的基督徒都不得给犹太人提供住宿或援助，否则财产将被全部没收。犹太人受到这样沉重的打击，不知所措。他们在西班牙生活了超过15个世纪，慷慨地付出血汗与智慧，对这个国家的财富和文化做出贡献，此时却要在价格崩盘的市场上处置财产，还不能获得金银的支付。不过诏书并不针对隶属王室的杰出犹太人阿夫拉瓦内尔（Abrabanel），因为他是王室不可或缺的宝贵人才。阿夫拉瓦内尔向国王求情，愿意提供巨额财产来换取他收回对犹太人的禁令。费尔南多本要大发慈悲，可是托克马达高举着十字架冲了进来，高呼“犹大只为了30块银币就卖主”，因此诏书并未取消。阿夫拉瓦内尔立即决定加入流亡的同胞。犹太人的财产如洪水般涌进市场：一片橄榄树林只交换一匹骡子，一栋华宅交换一匹布料，一个存货丰富的商店交换一些长途旅行需要的小东西。
