至少有15万名犹太人离开了这个国家。为了能更坚强地忍受磨难，富人与穷人共享他们的财富。流亡者朝四面八方散去，但多数幸存者都落脚在北非，其中很多人之后又移居到君士坦丁堡、近东、阿尔巴尼亚和希腊。犹太人是西班牙工业、知识和金融发展的中流砥柱，许多犹太社群对于在陌生土地上从头来过的前途惊惶不已，决定接受洗礼，为自己买下驱逐出境的豁免权。这些人后来成了往后多年神圣宗教裁判所的受害者。这就是欧洲最自傲、最兴旺的犹太人社群的命运；犹太人再也不曾有规模地回到西班牙，直到今天全西班牙的犹太人口也不过三四千。
消灭摩尔人的大斧还没真正落下。格拉纳达被占领后，有六七年的一阵短暂平静。大主教希门尼斯·德·西斯内罗斯开始施压。起初，他分发昂贵的礼物给穆斯林领袖，让他们接受洗礼改宗，这个做法十分成功。人们口耳相传，说改宗有利可图，于是许多百姓跟着族人领袖去教堂的圣洗池受洗。曾有一次，受洗人数高达数百人，教会不得不转动巨大的拖把，把水洒向群众头上。在改宗的人数停滞后，狂热又积极的大主教采取更激烈的手段。1499年，他把所有找得到的伊斯兰宗教书籍都堆在公共广场上烧毁。许多无价的美丽手抄本在这次大浩劫中付之一炬。随之而来的是持续施压，监禁“惹是生非分子”，以及对拒不改宗者施加极端威胁。最终，几乎每个在格拉纳达的穆斯林都受洗了。山区有反叛爆发，但遭到严厉镇压。1502年，王室下令，若不接受洗礼，就只能流亡。数百名穆斯林离开了这个国家，不过绝 大 多 数 仍 然 留 下 来， 至 少 在 名 义 上 成 了 基 督 徒， 被 称 为“摩 里 斯 科人”（Morisco）或“改宗的摩尔人”，加入“马拉诺”（改宗的犹太人）的行列，成为宗教裁判所的头号目标。
这个国家在宗教狂热的驱使下，通过种种狡猾可恶的手段让人民改宗，此时民众已经全是基督徒了。然而，这些前穆斯林即使成为“摩里斯科人”，依旧不得安宁。他们被禁止穿传统服装，并被明令禁止洗浴。洗浴成了初步判定是否叛教的证据。“被告曾洗浴”是宗教裁判所记录中的常见条目。这些“摩里斯科人”的后代留在西班牙，直到腓力三世（Philip III）统治时期，始终处于被驱逐的边缘。最后在1609年至1611年间，所有“摩里斯科人”都被杀害或驱逐出境。
必须记住的是，在1492年费尔南多和伊莎贝拉占领格拉纳达时，这里的穆斯林居民很多都有着纯正或近乎纯正的西班牙血统。他们虽是穆斯林，但并非摩尔人或阿拉伯人。这也说明了迫害的严酷，因为基督徒，尤其是教会人士，认为他们是西班牙的异端。只要些微迹象显示他们恢复固有的伊斯兰信仰，就足以让宗教裁判所的官员大发雷霆。在阿拉贡和东部沿海地区的穆斯林，摩尔裔的较多。这些人主要是农场工人，地主费心地防止他们被驱逐，不过尽管尽了最大努力，也只能推迟而不能改变成命。迫害展开后，安达卢西亚等地的农场损失了数十万摩里斯科劳工和熟练技工，国家资源流失，西班牙花了好几百年才从中恢复。
费尔南多和伊莎贝拉育有一子，也就是胡安王子（Prince John），西班牙王朝延续的希望就在他身上。年轻人被送到萨拉曼卡大学学习，和其他学生一样坐在通风大厅的硬板凳上，听西班牙最杰出的知识分子讲课。他头脑聪明，前途无量。他对音乐也很感兴趣，经常在萨拉曼卡附近的阿尔瓦公爵宫殿，参加由作曲家胡安·德尔·恩西纳（Juan del Encina）主持的牧歌表演。在他自己的宫殿里，也定期有午后聚会，由他和五六个训练有素的年轻歌手，在专业音乐大师的指导下，一连歌唱数小时。王子会弹奏几种乐器：吉他、小提琴、克拉维风琴（clavi-organ）、风琴和古钢琴。他在1497年猝逝，终年21岁，这对他的父母和国家都是难以恢复的严重打击。西班牙历史学者如此描述他的离世：“他爱上了一位热情洋溢的红发佛兰德斯女孩，因为他爱得太早且太过热烈，罹患了一种在今天可能很容易治愈的疾病，年轻的王子就这么死了。”
尽管迫害犹太人和穆斯林，不过费尔南多和伊莎贝拉治下的西班牙，依旧有知识进步的空间，也益发宽容。曾在安达卢西亚迫害穆斯林的大主教西斯内罗斯，1508年创办了著名的阿尔卡拉大学（University of Alcalá de Henares），作家克维多-比列加斯（Francisco Gómez de Quevedo y Villegas）、剧作家洛佩·德·维加（Lope de Vega）及其他许多知名人物都曾就读这所大学，它成为西班牙人文学科的重镇。伊拉斯谟派曾有过一段短暂的时期对半岛产生了很大的影响。西斯内罗斯主教也指示并资助了第一批评述版《圣经》的印行，以六卷本的形式在阿尔卡拉出版。在最后定本付梓之前，希伯来、迦勒底、希腊和拉丁文的原稿都经过仔细研究，并由一批学者耗时15年整理与编辑。这本书是用多种语言编写的，因此被称为“阿尔卡拉的多语圣经”。
费尔南多二世和伊莎贝拉一世的统治，在西班牙史上称为“天主教双君”（losreyes católicos），标志着西班牙成为现代国家以及中世纪的结束。教宗亚历山大六世（Alexander VI）于1496年授予他们此称号，表彰他们对基督教世界的伟大贡献。在双君的领导下，西班牙找到了一种方法，将中世纪宗教和天主教的文化统一，与文艺复兴的政治统一相融合。政治统一意味着王室的中央集权，以及小王国的末日。伊比利亚半岛的收复失地运动本身就是某种十字军运动，而且直到当时，也是历史上唯一一次成功的十字军之战。教会和国家都参与了这场漫长的斗争，也一起赢得了胜利。十字架现在牢牢地焊在剑上。在政治上，西班牙成为一个教会国家，宗教和政治的权威都由国王牢牢把持。
起初，费尔南多和伊莎贝拉似乎支持西班牙城镇政治力量的强化，因为这可以制衡难以驾驭的贵族。可是贵族的权力被剥夺后，他们立刻把精力投入对摩尔人的战争，并在辉煌的宫廷上取得显赫的地位。之后，天主教双君表现出决心，要主宰各城镇及其代表机构——国民议会。在1482年至1498年这16年间，议会完全没有开会，最终召开时，也仅仅是因为国王需要经费，需要议会盖章。议会的力量虽然没有完全被天主教双君破坏，但它显然是屈居王室的权威之下。
在费尔南多和伊莎贝拉的统治期间，有一年特别突出。那是1492年——西班牙历史的奇迹之年，酝酿数百年的事件终于齐臻顶点。首先，对穆斯林的战争获胜了。1492年1月2日，十字架被竖立在阿尔汗布拉山上，天主教双君进驻了摩尔国王精美的红色宫殿。同年，西班牙宗教裁判所全力对付西班牙的另一个宗教少数族群——犹太人，把他们集体驱逐出境。同样在1492年，西班牙人罗德里戈·博尔贾（Rodrigo Borgia，即前文中出现过的亚历山大六世）成为罗马教宗，费尔南多和伊莎贝拉在教会中获得了强大的盟友。1492年的第四个历史事件是发现美洲大陆。
其他水手可能也曾抵达过美洲新大陆的海岸，但唯有哥伦布的航行名留青史，连接了美洲与欧洲。1492年的第五项重大事件是学者安东尼奥·德·内夫里哈（Antonio deNebrija）出版了《卡斯蒂利亚语语法》（Castilian Grammar ），这本书是所有现代欧洲语言中的第一本语法书。该书明确地显示出卡斯蒂利亚及其语言在西班牙语言和文学方面的优越地位。
内夫里哈将他的语法书送给女王时，她蓝绿色的眼睛露出一丝困惑，然后问道：“这是做什么用的？”内夫里哈意味深长的答案想必让她更加困惑。他说：“陛下，语言是帝国的理想武器。”即使伊莎贝拉那时无法了解其中的深意，来到新大陆的征服者绝对明白其重要性，最终西班牙将自己的语言强加给了更广阔的领土和更庞大的人口。在这关键的一年发现新世界，也让刚赢得对摩尔人的战争的西班牙精兵有了可供征服的广袤的新土地。正当扩张精神在心理上达到巅峰时，这偶然的发现又为它灌注了新的动力，并立即令它转向。西班牙史上第二次的十字军运动由此展开：征服新大陆，让被征服者改宗新信仰，在新大陆探索和殖民。 [4]
